No enunciado apresentado, temos duas conjunções destacadas: "contudo" e "Embora". As funções dessas conjunções são essenciais para compreender como suas substituições podem manter ou alterar o sentido original das frases em que aparecem.

Contudo: é uma conjunção adversativa. Ela introduz uma ideia de oposição ou contraste em relação ao que foi dito anteriormente. Em outras palavras, indica que, apesar de um fato, outro ocorre de maneira contrária ou inesperada. 

Embora: é uma conjunção concessiva. Ela é usada para introduzir uma concessão, ou seja, um fato que, embora verdadeiro, não impede que a ideia principal se realize. Expressa uma contraposição que não chega a constituir obstáculo à afirmação principal. 

Analisando as alternativas:

A) "portanto" e "Porquanto": são conjunções explicativas e causais, respectivamente, não mantendo o contraste ou concessão requeridos. 

B) "mas" e "Caso": "mas" é adversativa, portanto, similar a "contudo", mas "Caso" é uma conjunção condicional, não concessiva. 

C) "porém" e "Ainda que": ambas conjunções mantêm a relação como na frase original, com "porém" sendo adversativa e "Ainda que" concessiva. 

D) "assim" e "Como": "assim" é uma conjunção conclusiva e "Como" é comparativa ou causal, não sendo compatíveis com o contexto original. 

E) "no entanto" e "Logo": "no entanto" é adversativa, mas "Logo" é conclusiva, o que altera a relação de concessão na segunda parte da frase. 

Gabarito: Letra C

O número de passageiros transportados por metrô e trens ___________
 em 1,2 milhão em 2011. O ritmo de incremento, 
contudo, _____________ sido mais veloz do que a modernização da 
malha. Embora não seja o único aspecto a apresentar problemas, 
o sistema elétrico está defasado. A elevação no número de passageiros é fruto 
da demanda reprimida por transporte de qualidade na Grande São Paulo. 
E não _____________ , para ________________ , os 
investimentos previstos em trens e metrô.

Questões de Português - Conjunções e interjeições - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto